Ton serveur peut très bien être démarré à l'extérieur de JBuilder. Il s'agit que tu ais une JVM installée. Sur le site de sun, il y a tout ce qu'il faut:
http://java.sun.com . Sinon ajoute qqchose\JBuilder\jdk1.3.1\bin dans le PATH de windows, ça fera l'affaire
Ensuite tu démarre ton programme à l'aide de l'outil java en ligne de commande. Pour la commande à utiliser, tu peux toujours prendre celle de JBuilder en remplaçant javaW par java
Ex: java -classpath "c:\..." package.Server
JBuilder ajoute beaucoup de librairies inutiles dans le classpath, idéalement ne pointe que sur les librairies que tu utilises vraiment.
Bonne chance!