Normallement le Java est un language qui utilise une machine virtuelle pour fonctionner. Ça signifie que quand tu compiles ton code java (.java) en .class. Il traduit les instructions dans un code primaire Java que la machine virtuelle (JVM) va pouvoir interpréter et traduire en code machine assembleur dans le cas de Windows (WIN32). L'avantage est qu'un code compilé Java peut être utilisé sur tous les systèmes possédant une machine virtuelle (JVM). Sun Microsystem a créer des JVM pour à peut près tous les types de systèmes.
Ce que je crois que tu veux faire, soit faire un .exe avec tes classes compilées Java n'est pas réalisable avec les outils de JBuilder et de Sun. Ceux-ci utilisent les outils réguliers de Java et nécessite donc une machine virtuelle (le fameux java.exe sous Windows) qui va exécuter ton code.
Par contre, j'ai récemment découvert une compagnie qui offrait un produit afin d'éliminer l'intermédiaire de la JVM et permettant de compiler directement ton code Java en exécutable WIN32. Ceci permet un gain de performance d'environ 20% selon quelques témoignages que j'ai eu. Par contre la version "personnelle" disponible sur le site de la compagnie ne permet pas de faire un exécutable stand-alone que tu pourrais distribuer à tout le monde, mais nécessite un JDK spécialement transformé lors de l'installation du logiciel. Pour plus de détails voici la compagnie :
http://www.excelsior-usa.com
Mais pour répondre à ta question, comment exécuter du Java en dehors de JBuilder. C'est plutôt simple sous windows.
Trouve l'exécutable java.exe et dans une boîte dos exécute
[path du fichier]/java [nom de ton programme .class sans mettre le .class]
En espérant que ça réponde à tes questions.